Sposób załatwiania spraw kierowanych do Urzędu Transportu Kolejowego regulują m.in. przepisy ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (tekst jednolity). Opisane w nim procedury i zasady postępowania tworzą ogólne ramy, według których sprawy są rozpatrywane i załatwiane przez organy administracji.
Tryb postępowania w sprawach, które należą do kompetencji Urzędu Transportu Kolejowego, opisany jest w szczególności w ustawach:
- ustawa z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym (tekst jednolity) wraz z aktami wykonawczymi,
- ustawa z dnia 19 sierpnia 2011 r. o przewozie towarów niebezpiecznych (tekst jednolity) wraz z aktami wykonawczymi,
- ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. o systemie oceny zgodności (tekst jednolity) wraz z aktami wykonawczymi,
- ustawa z dnia 13 kwietnia 2016 r. o systemach oceny zgodności i nadzoru rynku (tekst jednolity),
- ustawa z dnia 27 marca 2003 r. o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym (tekst jednolity).
Powyższe akty prawne normują procedury związanych z ubieganiem się m. in. o:
- świadectwo dopuszczenia do eksploatacji typu budowli i urządzeń przeznaczonych do prowadzenia ruchu kolejowego,
- świadectwo dopuszczenia do eksploatacji typu pojazdu kolejowego,
- świadectwa bezpieczeństwa,
- licencje na prowadzenie działalności gospodarczej polegającej na wykonywaniu przewozów kolejowych osób lub rzeczy albo na udostępnianiu pojazdów trakcyjnych.